ФНС России приведено Определение Верховного Суда РФ от 27.04.2017 по делу N 306-КГ16-18669, в котором повторно указано, что основанием для освобождения от уплаты налога ввиду отнесения земельных участков к ограниченным в обороте (подпункт 3 пункта 2 статьи 389 Налогового кодекса РФ в редакции до 01.01.2013) является совокупность условий:

нахождение земельных участков в статусе ограниченных в обороте, т.е. в силу пункта 5 статьи 27 Земельного кодекса РФ их принадлежность к государственной или муниципальной собственности, а не к частной собственности, включая коммерческие организации со 100-процентным участием публично-правовых образований (органов государственной власти и т.д.);

предоставление данных земельных участков для обеспечения обороны, безопасности и таможенных нужд.

По мнению ФНС России, указанная позиция может использоваться для оценки необоснованности применения коммерческими организациями в отношении находящихся у них в собственности земельных участков нормы абзаца пятого подпункта 1 пункта 1 статьи 394 Налогового кодекса РФ (начиная с налогового периода 2013 года) о льготной, не превышающей 0,3 процента, налоговой ставке.

Письмо ФНС России от 04.05.2017 N ПА-4-21/8521@ "О налогообложении земельных участков, ограниченных в обороте и предоставленных для обеспечения обороны, безопасности и таможенных нужд"