В письме ФНС России со ссылкой на Постановление Президиума ВАС РФ от 03.05.2006 N 14996/05 сообщается, что отсутствие налоговой базы по НДС в соответствующем налоговом периоде не является основанием для отказа в принятии НДС к вычету.

Одновременно обращено внимание налоговых органов на то обстоятельство, что принятие к вычету НДС при отсутствии налоговой базы может спровоцировать недобросовестных налогоплательщиков на злоупотребления данным правом. В этой связи даны рекомендации по усилению налогового контроля в отношении налогоплательщиков, заявляющих налоговые вычеты в крупных суммах, особенно в отношении налогоплательщиков, применяющих ненулевые ставки НДС.

Письмо ФНС России от 07.12.2012 N ЕД-4-3/20687@ "О направлении письма Минфина России"