До внесения изменений в статью 83 НК РФ под местом нахождения ТС понималось место его государственной регистрации, а при отсутствии такового - место нахождения (жительства) собственника имущества. После внесения изменений местом нахождения ТС признается только место нахождения (жительства) собственника имущества.

Налоговый орган обязан осуществить постановку на учет (снятие с учета) организации по месту нахождения принадлежащих ей транспортных средств.

Сообщается, что закон, внесший изменения в порядок определения места нахождения ТС, не содержит положений, предусматривающих изменения порядка учета в налоговых органах ранее поставленных на учет организаций по месту нахождения ТС.

Указано, что до внесения изменений в действующее законодательство в целях устранения возникшей неопределенности транспортный налог следует уплачивать по месту нахождения ТС, указанному в уведомлении о постановке на учет российской организации в налоговом органе.

Письмо ФНС России от 07.11.2013 N БС-4-11/19977 "О транспортном налоге"