В письме Минфина РФ разъяснен порядок применения нулевой ставки НДС в отношении отдельных видов услуг, в том числе: транспортно-экспедиционных услуг; услуг, оказываемых организациями трубопроводного транспорта и нефтепродуктов; услуг по предоставлению железнодорожного подвижного состава и контейнеров; услуг, оказываемых российскими организациями водного транспорта в отношении товаров, вывозимых в таможенной процедуре экспорта.

Так, например, по мнению Минфина РФ, нулевая ставка налога должна применяться в отношении транспортно-экспедиционных услуг в том случае, если оформление экспедиторских документов для оказания данных услуг в соответствии с действующим законодательством не требуется. Если же при оказании транспортно-экспедиционных услуг требуется оформление экспедиторских документов, но такие документы не оформлялись или были оформлены с нарушениями, то данное обстоятельство может послужить основанием для отказа в применении нулевой ставки налога на добавленную стоимость в отношении указанных услуг.

В письме Минфина РФ также разъяснены вопросы применения НДС в отношении припасов, реализуемых хозяйствующим субъектам Республики Беларусь или Республики Казахстан, а также в отношении операций по реализации товаров, вывозимых с территории РФ на территорию г. Байконур.

Письмо ФНС РФ от 12.08.2011 N АС-4-3/13133@ "О направлении письма Минфина России от 02.08.2011 N 03-07-15/72"