Пени рассчитывались с учетом пункта 4 статьи 75 НК РФ в редакции Федерального закона от 30.11.2016 N 401-ФЗ:

с 2013 года и по дату вынесения решения - в соответствии с ранее действовавшим порядком, исходя из 1/300 ставки рефинансирования Банка России;

с даты, следующей за днем вынесения решения, и до даты погашения задолженности по налогу - в соответствии с новым порядком, исходя из ставки 1/300 (за первые 30 календарных дней), а с 31 дня исходя из 1/150 ставки рефинансирования Банка России.

ФНС России в ответе на обращение налогоплательщика указала, что по закону новая ставка для расчета пеней применяется к задолженности, образовавшейся с 1 октября 2017 года. Задолженность образуется, когда налогоплательщик впервые не уплатил положенный налог. В данном случае это было в 2013 году, а не в 2018 году, когда инспекция это обнаружила. Поэтому у инспекции не было оснований для начисления пени по новой ставке.

Информация ФНС России О применении ставок для расчета пеней за неуплаченные налоги прошлого периода