Переплата по одному налогу не отменяет пени при погашении задолженности по другому налогу. Такой вывод есть в определении Верховного суда от 05.08.2015 г. № 304-КГ15-8368.

За предпринимателем числилась переплата по НДФЛ, которую он решил зачесть в счет уплаты единого налога по упрощенке. ИФНС зачет сделала, но одновременно начислила пени по единому налогу с момента истечения срока уплаты до дня, когда ИП погасил долг. Предприниматель обратился в суд, так как считал, что пени начислили незаконно. Суд встал на сторону налоговиков. Ведь, как объяснили судьи, переплата и недоимка возникли по налогам, которые учитываются на разных КБК, зачисляются в разные бюджеты, в разных пропорциях и в разные сроки. Неправильно думать, что переплата по НДФЛ перекрывала задолженность перед бюджетом.