В связи с неоднозначным толкованием нормы, предусмотренной пунктом 4 статьи 89 НК РФ, регламентирующей проведение выездной налоговой проверки в случае представления уточненной налоговой декларации, ФНС России разъясняет, в частности, следующее:

• данная норма является исключением из общего правила о периоде, который может быть охвачен выездной налоговой проверкой (по общему правилу - три календарных года, непосредственно предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки);
• выездная проверка проводится за период, за который представлена налоговая декларация, причем только в том случае, если он ранее не был охвачен выездной налоговой проверкой;
• момент представления уточненной налоговой декларации (во время проверки, до или после ее проведения), для применения нормы не имеет значения.

Письмо ФНС России от 29.05.2012 N АС-4-2/8792 "О пункте 4 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации"