Если компания или предприниматель осуществляют операции, освобожденные от НДС, то им не надо выставлять счета-фактуры. Такое правило предусмотрено п. 3 ст. 169 Налогового кодекса. Но в то же время выписка счетов-фактур с нулевой суммой налога не будет являться нарушением (письмо Минфина от 25.11.2014 г. № 03-07-09/59838).