Вне зависимости от того, что в течение пяти календарных дней после получения налогоплательщиком налога на добавленную стоимость предоплаты под предстоящую поставку товаров (работ, услуг), приходящихся на один налоговый период либо на разные налоговые периоды, производится отгрузка товаров (работ, услуг), счета-фактуры оформляются в двух экземплярах как на сумму полученной предоплаты, так и при отгрузке товаров (работ, услуг) в счет указанной предоплаты.

Письмо ФНС РФ от 10.03.2011 N КЕ-4-3/3790 "О налоге на добавленную стоимость"