Это связано с тем, что статья 78 НК РФ не предусматривает зачет сумм излишне удержанных из доходов работников налогов в счет исполнения обязательств по уплате налогов, возникающих у этой организации в качестве налогоплательщика.

В этом случае организация вправе:

обратиться в налоговый орган с заявлением о возврате ошибочно перечисленных сумм по реквизитам уплаты НДФЛ;

обратиться за зачетом ошибочно перечисленных сумм по реквизитам уплаты НДФЛ в счет предстоящих платежей по этому налогу.

Письмо Минфина России от 22.01.2018 N 03-02-07/1/3224