В организации применяют централизованную систему по составлению счетов-фактур. То есть головная организация может выставить счет-фактуру, а филиал распечатать ее для покупателя. В итоге первый и второй экземпляры документа подписывают разные сотрудники.

Однако на вычет по НДС это никак повлиять не может. Согласно п. 6 ст. 169 Налогового кодекса счета-фактуры подписывают руководитель и главный бухгалтер или другие лица, уполномоченные приказом или доверенностью лица. И если экземпляры одного документа подписаны разными, но уполномоченными на то работниками, проблем с вычетом по НДС не возникнет. Об этом сообщает Минфин России в своем письме от 03.07.2013 г. № 03-07-15/25437.