Июньскую зарплату и исчисленный с нее НДФЛ покажите в строках 020 и 040 раздела 1 за полугодие. Не вписывайте налог с июньской зарплаты в строку 070 как удержанный. Компания удержит НДФЛ только в июле в момент выплаты. Так же считает и ФНС (письмо от 24 мая 2016 г. № БС-4-11/9194). В разделе 2 расчета за полугодие июньскую зарплату не показывайте – сделаете это в 6-НДФЛ за 9 месяцев.

С переходящей зарплатой все ясно. А вот с больничными могут быть сложности. В одном из писем налоговики сообщили, что начисленное пособие надо показать в строке 020, даже если выдали его после окончания отчетного периода (письмо от 16 мая 2016 г. № БС-4-11/8568).

Но позиция ФНС спорная. Во-первых, больничные становятся доходом сотрудника в день выплаты (подп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ). Во-вторых, доходы в 6-НДФЛ и 2-НДФЛ должны совпадать. Это одно из контрольных соотношений (письмо ФНС от 10 марта 2016 г. № БС-4-11/3852). А в 2-НДФЛ пособия показывают на дату выдачи.