ФНС РФ сообщает, что первичные учетные документы независимо от формы их составления (на бумажном носителе и в электронном виде с ЭЦП), соответствующие установленным требованиям, имеют одинаковую юридическую силу и возлагают идентичные права и обязанности на субъекты хозяйственной деятельности. Следовательно, электронные документы наряду с их бумажными аналогами могут применяться как при взаимодействии хозяйствующих субъектов между собой, так и при ведении бухгалтерского и налогового учета.

Отмечено также, что электронные первичные документы могут учитываться налоговыми органами при проверке соответствия признанных в налоговом учете расходов налогоплательщика критериям обоснованности, предусмотренным статьей 252 Налогового кодекса РФ.

Письмо ФНС РФ от 05.10.2011 N ЕД-4-3/16368@ "Об отдельных вопросах применения электронных документов"