По общим правилам подписывать счета-фактуры должен руководитель компании и главный бухгалтер. Или же другие лица, уполномоченные на то приказом или доверенностью от имени организации (п. 6 ст. 169 НК РФ).

Причем доверенность на право подписи можно предоставить одному человеку. Он будет подписывать счета-фактуры и за директора, и за главного бухгалтера компании. Такой подход одобрили чиновники Минфина в письме от 21.10.2014 г. № 03-07-09/53005.