Чтобы установить ненормированный режим рабочего времени, нужно оформить локальные нормативные акты. В которых обязательно надо прописать перечень должностей работников, которым устанавливается ненормированный режим рабочего времени, и условия предоставления дополнительного оплачиваемого отпуска. Минимум это три рабочих дня. Об этом сказано в статье 119 ТК РФ. Иначе компании грозят штрафы. А заменить такой отпуск денежной компенсацией нельзя! Это расценивается как скрытая форма сверхурочных работ.

Кстати, не важно, сколько сотрудник отработал в ненормированном режиме. Если он включен в соответствующий перечень, то ему в любом случае положен дополнительный отпуск. По этому вопросу посмотрите письмо Роструда от 24.05.2012 г. № ПГ/3841-6-1.