Сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату налогоплательщику (зачету в счет предстоящих платежей) по его письменному заявлению, которое может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. В случае пропуска установленного срока налогоплательщик вправе обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы.

В письме ФНС России сообщается, что Налоговый кодекс РФ не препятствует списанию суммы излишне уплаченного налога, по которой истек срок исковой давности. Соответствующее решение принимается руководителем (заместителем руководителя) налогового органа, при условии, что налогоплательщик был извещен об имеющейся переплате, а также отсутствует необходимость направления указанной суммы на погашение недоимки по другим налогам, сборам, пеням, штрафам.

Также обращено внимание налоговых органов на неправомерность списания суммы переплаты у налогоплательщиков, осуществляющих финансово-хозяйственную деятельность, представляющих бухгалтерскую и налоговую отчетность, и не направивших в налоговый орган обращение о списании указанных сумм.

Письмо ФНС России от 01.11.2013 N НД-4-8/19645@ "О списании сумм излишне уплаченного налога"