Вывод ФНС РФ о том, что положения Налогового кодекса РФ (в ред. Федерального закона N 395-ФЗ), предусматривающие освобождение от налогообложения НДС указанных выше операций, не распространяются на операции, совершаемые с имуществом, составляющим казну Российской Федерации, основан на следующем.

Согласно Налоговому кодексу РФ не являются объектом налогообложения НДС операции с государственным (муниципальным) имуществом, выкупаемым в порядке, установленном Федеральным законом N 159-ФЗ. При этом указанным Федеральным законом не регулируются отношения, возникающие в связи с отчуждением из государственной казны РФ недвижимого имущества, арендуемого субъектами малого и среднего предпринимательства. Поэтому налоговым органом сделан вывод о том, что распространение положений подпункта 12 пункта 2 статьи 146 НК РФ на операции по реализации (передаче) на территории РФ государственного имущества, не закрепленного за государственными предприятиями и учреждениями и составляющего государственную казну РФ, не правомерно.

Письмо ФНС РФ от 12.05.2011 N КЕ-4-3/7618@ "О порядке применения подпункта 12 пункта 2 статьи 146 Налогового кодекса Российской Федерации"