ФНС России напоминает, что в Постановлении Пленума ВАС РФ от 30 июля 2013 г. N 57 говорилось о том, что установленный порядок начисления пеней не ставится в зависимость от того, уплачиваются ли авансовые платежи в течение или по итогам отчетного периода, а также исчисляются ли они на основе налоговой базы, отражающей реальные финансовые результаты.

В любом случае, если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше суммы подлежавших уплате авансовых платежей, судам необходимо исходить из того, что начисленные пени подлежат соразмерному уменьшению.

Согласно разъяснению ФНС России данный подход необходимо применять и в случае, если по итогам налогового периода сумма налога при применении УСН, уменьшенная на уплаченную сумму страховых взносов и торгового сбора, оказалась меньше суммы авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода.

Письмо ФНС России от 13.01.2020 N СД-4-3/101@