В отношении водных транспортных средств базой для исчисления налога является мощность двигателя в лошадиных силах либо (в отношении водных транспортных средств, не имеющих двигателей) - единица транспортного средства.

Сообщается, что в случае передачи регистрирующими органами сведений о зарегистрированных маломерных судах без указания сведений о мощности двигателя, транспортный налог исчисляется по налоговой ставке, установленной в отношении иных водных транспортных средств, не имеющих двигателей (в сумме 200 руб. с единицы транспортного средства).

Письмо ФНС России от 23.03.2015 N БС-4-11/4595 "О транспортном налоге"